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食用菌自动装袋机滤纸片保藏法。取白色（搜集深色孢子）或黑色（搜集白色孢子）滤纸，剪成4.0cm×0.8cm的小纸条，平铺在培育皿中用纸包裹进行灭菌。选用钩悬法搜集孢子，让孢子落在滤纸条上。将载有孢子的滤纸条放入保藏试管中，白胶塞封口，再将保藏试管放入枯燥器中1～2d，除掉滤纸水分，然后低温保藏。保存期可达２～10年。

沙土管保藏法。取河沙用水浸泡洗刷数次，过60目筛除掉粗粒，加用1％稀盐酸煮沸30min，以除掉其间的有机质，再用水冲刷至pH值到达中性，烘干备用。同时取非耕作层的瘦黄土或红土，用水重复冲刷至中性，烘干碾细，过100目筛，将处理好的沙与土以2～4∶1混匀，然后分装小试管内，每管装0.5g，高压灭菌（1.5kg/cm2）3次，再干热灭菌（160℃，2h）1次，待无菌查验合格后方可运用。将已构成孢子的斜面菌种，在无菌条件下注入无菌水3mL，刮菌苔，制成菌悬液，再用无菌吸管汲取菌液滴入砂土管中，以渗透砂土停止。将接种后的沙土管放入盛有枯燥剂的真空枯燥器内，接上真空泵抽气至沙土枯燥停止。真空枯燥操作需在孢子接入后48h内完结，避免孢子发芽。制备好的沙土管白腊封口，在低温下可保藏2～10年。

此外，还有甘油保藏法、枝条保藏法、超低温液氮保藏法、冷冻真空枯燥法等。

菌种保藏办法虽多，但都存在一些缺陷，需进一步进行研究和讨论。其间低温定时移植保藏法虽然简单易行，不需特别设备，但需几个月转管1次，转管的次数多了，变异的可能性就增大，易形成菌种阑珊。近年来人们找到了一种现在以为最有用广谱安全的保藏办法——超低温液氮保藏法，在ATCC 用这种办法保藏双孢蘑菇，9年后菌种仍保持安稳，用于出产，产值、质量无大改变，是现在国际上公以为较为抱负的菌种保藏办法，但用这种办法保藏菌种，需求液氨保藏罐设备，且液氯来历有限，费用高，所以还不能遍及推行运用，只需少量科研院所运用。此外，还有冷冻真空枯燥法，此法一般可保存10年以上，但成本较高。各菌种保藏中心、科研单位和出产单位可依据本地具体条件与出产实践选用菌种保藏办法，以确保菌种无退化或变异，确保科研、出产的正常进行。 

菌种保藏作用的判定 

食用菌菌种保藏作用的判定的常用目标是菌株的存活率和接种物成活率。大家以为要切当地判别一个菌株在保藏后是否已发生了变异，仅测菌株的这2项目标是不行的，还必须对其进行全面细心的接连调查和测定，可从以下4个方面进行考察：①生物学特征，如菌丝形状、颜色等；②对基质分化才干，如走菌、吃料速度等；③遗传特征，如相关酶的酶谱、酶生机等；④出产出菇才干，包含产值、质量。经过常常查验，以确保不呈现任何退化痕迹的菌株取得菇农的信任。再者，就菌种保藏自身而言，经过保藏菌种的作用判定，可以对保藏办法进行评估，进一步加以改进，使保藏系统愈加完善。